Mispairing PCR
La mispairing PCR (reazione a catena della polimerasi disaccoppiante) consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con l’uso di primers contenenti una o più basi non complementari (mispair) alla reale sequenza da amplificare.
La condizione necessaria per l’appaiamento fra primer e il frammento di DNA che si vuole replicare è che, oltre alla serie di basi all' estremità 5’ a monte delle basi che non si appaiano, almeno le ultime 2 basi all' estremità 3’ del primer siano complementari alla sequenza genica che si vuole replicare. Questa tecnica può essere sfruttata per individuare mutazioni o varianti alleliche di un gene, infatti, disegnando mispairing primers la cui estremità 3’ si appai appena a monte della base da verificare è possibile creare un sito di restrizione solo nel caso in cui sia presente una determinata vatiante allelica, permettendo di rilevare la mutazione nel materiale genetico sottoposto a test. Questo procedimento permette di trovare le marcature genetiche di determinate malattie in individui ancora sani, permettendo una terapia precoce.