Mispairing PCR

La mispairing PCR consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con l’uso di primers contenenti una o due basi non complementari alla reale sequenza da amplificare. La condizione necessaria per l’appaiamento fra primer e stampo è che, oltre alla serie di basi in 5’ a monte delle basi che non si appaiano, almeno le ultime 2 delle basi in 3’ del primer siano complementari allo stampo. Ciò può essere sfruttato per individuare delle mutazioni disegnando mispairing primers la cui estremità in 3’ si appai appena a monte della base da verificare, e che creino un sito di restrizione solo nel caso in cui, nella posizione da verificare, sia presente la base mutata o alternativamente quella wild type