ImageJ

ImageJ è un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, rilasciato nel pubblico dominio, basato su Sun-Java; sviluppato dal National Institutes of Health degli Stati Uniti.^[1] ImageJ è stato progettato con una en:open architecture che provede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoporgrammi "plugin Java" e molte macro registrabili. ^[2]

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks" cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da voxel di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un compilatore Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali, ^[3] all'image processing in radiologia,^[4] il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging ^[5] fino a sistemi automatizzati per l'ematologia. ^[6]

L'architettura a plugin di imageJ ed l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini. ^[7]^[8]

ImageJ può essere fatto girate come un applet online, come un'applicazione scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia caricata la en:virtual machine Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux, e per l'organizer Sharp Zaurus PDA. Il codice sorgente per ImageJ è il seguente: freely available.^[9]

Lo sviluppatore del progetto, Wayne Rasband, è un membro dell'istituto "Research Services Branch" del National Institute of Mental Health (USA).

Caratteristiche

Storia

Voci correlate

en:Microscope image processing
Fiji (Fiji Is Just ImageJ), an image processing package based on ImageJ

Note

^ Collins TJ, ImageJ for microscopy, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517.
^ Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ, in Indian J Cancer, vol. 41, n. 1, 2004, p. 47.
^ Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens, in Photochem Photobiol, vol. 81, n. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377.
^ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ, in J Digit Imaging, vol. 18, n. 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4.
^ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit, in Microsc Res Tech, vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067.
^ Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis, in J Parasitol, vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R.
^ Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1846283795.
^ Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 9780521860857.
^ Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511.

Collegamenti esterni

(EN) ImageJ home
(EN) ImageJ Documentation Wiki
(EN) Review of ImageJ by Forrest Mims III in The Citizen Scientist, the journal of the Society for Amateur Scientists.

Distribuzioni

(EN) ImageJ for Microscopy - from the McMaster Biophotonics Facility
(EN) Fiji (Fiji is Just ImageJ): An ImageJ bundled distribution; many scripting languages supported (see Scripting). Fiji focuses on image registration, stitching, segmentation and 3D visualization.

Plugins

(EN) ImageJ Plugin home
(EN) ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
(EN) Bio-medical Imaging plugins
(EN) The image stabilizer plugin for ImageJ
(EN) OptiNav plugin set: Aeroacoustics, real time histograms, deconvolutions.
Large set of plugins by Gabriel Landini
(EN) Albert Cardona's 3D editing plugins.
(EN) Plugins for surface assessment from GCSCA
(EN) TrakEM2: a plugin for morphological data mining, 3D modeling, and image stitching, registration, editing and annotation.
(EN) Various plugins by Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
(EN) SIFT-implementation by Stephan Saalfeld: A lightweight SIFT-implementation under GPL, see more about SIFT algorithm
(ES) bUnwarpJ by Ignacio Arganda-Carreras: a plugin for consistent and elastic image registration.
(EN) Plugins of the Biomedical Imaging Group (EPFL)
(EN) Teaching image-processing programming in Java with plugins of ImageJ

NIH Image

(EN) Home page del National Institute of Health Image
(EN) Scion Image Download

Portale Informatica

Portale Medicina

[1] Collins TJ, ImageJ for microscopy, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517.

[2] Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ, in Indian J Cancer, vol. 41, n. 1, 2004, p. 47.

[3] Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens, in Photochem Photobiol, vol. 81, n. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377.

[4] Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ, in J Digit Imaging, vol. 18, n. 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4.

[5] Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit, in Microsc Res Tech, vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067.

[6] Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis, in J Parasitol, vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R.

[7] Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1846283795.

[8] Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 9780521860857.

[9] Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511.

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