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ImageJ

programma informatico di elaborazione digitale delle immagini
Versione del 26 nov 2009 alle 16:35 di Giancarlo Rossi (discussione | contributi) (→Formati di immagine supportati)
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Template:Infobox Software ImageJ è un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, rilasciato nel pubblico dominio, basato su Sun-Java; sviluppato dal National Institutes of Health degli Stati Uniti.[1] ImageJ è stato progettato con una en:open architecture che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi "plugin Java" e molte macro registrabili. [2]

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks", cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da voxel di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

Caratteristiche

Editor di plugin

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un compilatore Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali, [3] all'image processing in radiologia,[4] il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging [5] fino a sistemi automatizzati per l'ematologia. [6]

L'architettura a plugin di imageJ ed l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini. [7][8]

ImageJ può essere fatto girate come un applet online, come un'applicazione scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia installato la macchina virtuale Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux, e per il computer palmare Sharp Zaurus. Il codice sorgente per ImageJ si trova alla seguente pagina-web: liberamente scaricabile. [9]

Lo sviluppatore del progetto, Wayne Rasband, è un membro dell'istituto "Research Services Branch" del National Institute of Mental Health (USA).

Formati di immagine supportati

ImageJ può visualizzare, editare, analizzare (con analyze), processare, salvare, e stampare immagini a 8 bit, a 16 bit e anche a 32-bit. Può leggere molti en:image formats includendo TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, così come anche i formati "raw". ImageJ supporta le immagini stacks, una serie di immagini sovrapposte che condividono una singola finestra, ed è abilitato al multithreaded, in modo che alcune operazioni che richiedono molto tempo di calcolo possono essere eseguite in parallelo sul hardware multi-CPU. ImageJ può calcolate l'area e le statistiche del valore del pixel di selezioni definite dall'utente e di oggetti in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare istogrammi di densità e en:line profile plots. Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini (per compararle), regolazione del contrasto, en:convolution, en:Fourier analysis, sharpening, en:smoothing, rilevamento dei bordi e en:median filtering. It does geometric transformations such as scaling, rotation and flips. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dai chip di memoria RAM disponibili.

Manuali in italiano

Storia

Voci correlate

Note

  1. ^ Collins TJ, ImageJ for microscopy, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517.
  2. ^ Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ, in Indian J Cancer, vol. 41, n. 1, 2004, p. 47.
  3. ^ Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens, in Photochem Photobiol, vol. 81, n. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377.
  4. ^ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ, in J Digit Imaging, vol. 18, n. 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4.
  5. ^ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit, in Microsc Res Tech, vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067.
  6. ^ Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis, in J Parasitol, vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R.
  7. ^ Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1846283795.
  8. ^ Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 9780521860857.
  9. ^ Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, July 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511.

Collegamenti esterni

Distribuzioni

  • (EN) ImageJ for Microscopy - from the McMaster Biophotonics Facility
  • (EN) Fiji (Fiji is Just ImageJ): An ImageJ bundled distribution; many scripting languages supported (see Scripting). Fiji focuses on image registration, stitching, segmentation and 3D visualization.

Plugins

NIH Image

  Portale Informatica
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