Amplified fragment length polymorphism
La AFLP-PCR o semplicemente AFLP è un'analisi basata sulla PCR utilizzata in genetica, per il DNA fingerprinting, ed in Ingegneria genetica.
E' un metodo estremamente sensibile per individuare polimorfismi a livello del DNA, descritto per la prima volta da Vos et al. nel 1993.[1][2] La procedura e' divisa in tre passaggi:[3]
- Digestione del DNA cellulare totale con uno o più Enzimi di restrizione e legame delle semi-sequenze di restrizione presenti sui frammenti a specifici adattori (frammenti a sequenza conosciuta);
- Amplificazione selettiva di alcuni di questi frammenti (ampliconi) con due primer per PCR complementari alla sequenza "'adattore + semisequenza di restrizione + sequenza selettiva[4]'";
- Separazione degli ampliconi mediante elettroforesi su gel seguita da visualizzazione delle bande.
AFLP non è un acronimo ed è incorretto, nonostante numerosissime pubblicazioni tendano a farlo, riferirsi a questo metodo come "Amplified fragment length polymorphism",[5] poichè quelli analizzati da questo metodo non si considerano polimorfismi di lunghezza quanto piuttosto polimorfismi di presenza-assenza.
Una variante dell'AFLP e' la cDNA-AFLP,[6] utilizzata per quantificare le differenze in termini di espressione genica.
Applicazioni
La tecnologia AFLP ha la capacità di individuare contemporaneamente diversi polimorfismi in differenti regioni genomiche, ed è inoltre caratterizzata da elevate sensibilità e riproducibilità. Di conseguenza, questa tecnica è largamente usata per l'identificazione di variazione genetica in ceppi o specie strettamente correlate di piante, funghi, animali e batteri.
La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di linkage al fine di generare mappe per l'analisi dei Tratti quantitativi.
Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di marcatura come ad esempio RAPD, RFLP, e microsatelliti. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,[7] ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non e' necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.[8] Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batter, funghi e piante.
La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevett ida parte di Keygene N.V.
Riferimenti
- ^ Zabeau, M and P. Vos. 1993. Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting. European Patent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.
- ^ Vos P, Hogers R, Bleeker M, et al., AFLP: a new technique for DNA fingerprinting, in Nucleic Acids Res., vol. 23, n. 21, November 1995, pp. 4407–14, DOI:10.1093/nar/23.21.4407.
- ^ [1]
- ^ una sequenza arbitraria e non degenerata (tipicamente tra 1 e tre nucleotidi) utile per una selezione di precisione
- ^ Vos P, Hogers R, Bleeker M, et al., AFLP: a new technique for DNA fingerprinting, in Nucleic Acids Res., vol. 23, n. 21, November 1995, pp. 4407–14, DOI:10.1093/nar/23.21.4407.
- ^ cDNA-AFLP
- ^ Mueller UG, Wolfenbarger LL, AFLP genotyping and fingerprinting, in Trends Ecol. Evol. (Amst.), vol. 14, n. 10, October 1999, pp. 389–394, DOI:10.1016/S0169-5347(99)01659-6.
- ^ Meudt HM, Clarke AC, Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances, in Trends Plant Sci., vol. 12, n. 3, March 2007, pp. 106–17, DOI:10.1016/j.tplants.2007.02.001.
External links
Software for l'analisi di dati AFLP
- KeyGene Quantar Suite Versatile marker scoring software
- SoftGenetics GeneMarker fragment analysis software
Software gratuito per l'analisi di dati AFLP
- SourceForge Genographer Free software for manual scoring (Java application)
- SourceForge RawGeno Free automated scoring (R CRAN environment, including a user-friendly GUI)
Programmi online per la simulazione di AFLP-PCR
- ALFIE - BProkaryotes or uploaded sequences
- In silico AFLP-PCR for prokaryotes, some eukaryotes or uploaded sequences
- Enzymes for AFLP New England Biolabs
- AFLP Technology note at KeyGene
- AFLP Applications