Come per il suo predecessore anche per Ramesse IX non sono chiari quali fossero i suoi legami con la famiglia reale e quindi, di conseguenza, la sua posizione come pretendente al trono. Secondo un'ipotesi, non verificata con sicurezza, potrebbe essere stato figlio di Montuherkhepshaf, figlio a sua volta di Ramesse III. A detta di altri studiosi (Kitchen) potrebbe essere stato figlio di Ramesse VII o addirittura (E.F. Wente) di Ramesse VIII. Secondo un'altra ipotesi si tratterebbe di un figlio di Ramesse III.
Ramesse IX, nei testi che ci sono pervenuti, onorò la memoria di Ramesse VI e di Ramesse VII ma ignorò del tutto il suo diretto predecessore.
Durante i suoi 18 anni di regno la situazione interna dell'Egitto permase precaria ed anche in Nubia si ebbero rivolte sedate solamente grazie all'intervento delle tribù dei Nehesy, da sempre alleate dell'Egitto. I testi riportano una sempre maggior presenza di genti di stirpe libica sia tra i lavoratori ma soprattutto come truppe mercenarie, non sempre affidabili quanto a comportamento e fedeltà. Una misura del disordine sociale può essere vista nel grave problema dei furti nelle necropoli reali, problema a cui Ramesse IX cercò di porre freno e di cui ci rimane documentazione in numerosi papiri processuali. Lo stesso villaggio di Deir el-Medina, residenza del personale addetto alla manutenzione delle tombe reali, fu considerato a rischio di saccheggio ed i suoi archivi vennero infatti spostati a Medinet Habu.
Nel 10º anno di regno di Ramesse IX si verificò un evento che può essere considerato il precursore dei problemi che porteranno alla dissoluzione dello stato unitario al termine del Nuovo regno: Amenhotep, Primo Profeta di Amon, si fece rappresentare, in un rilievo, con la stessa statura del sovrano violando così l'ancestrale gerarchia iconografica e sottintendendo una uguale dignità. Anche se in questo caso il potere reale fu ancora sufficiente per allontanare Amenhotep dal suo incarico, il fatto fu una riprova dello status quo per cui il controllo di buona parte dell'Alto Egitto era nelle mani del clero tebano.
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