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SARSコロナウイルス2-シータ株

SARSコロナウイルス2の変異株

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新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) > SARS-CoV-2の変異株 > シータ株 (系統 P.3)
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SARSコロナウイルス2-シータ株（サーズコロナウイルスツー シータかぶ、英語: SARS-CoV-2 Theta variant、別名: 系統 P.3、系統 B.1.1.28.3、VUI-21MAR-02）は、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の原因ウイルスとして知られるSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) の変異株である。2021年2月18日、フィリピンの中部ビサヤ地方で2つの懸念される突然変異が検出されたときに同国で最初に特定されたことから[1]、日本では通称フィリピン型変異株として知られている。世界保健機関（WHO）のラベルでは、シータ株（Theta variant）に分類されている。

日本では2021年3月12日、フィリピンからの旅行者が成田空港に到着したときに検出された[2]。

この変異株は、イギリス、南アフリカ共和国、ブラジルで最初に発見されたものとは異なるが、同様の脅威をもたらすと考えられている。また、南アフリカ共和国やブラジルで発見された変異株と同様、ワクチン接種によって得られたものも含め、中和抗体に対してより耐性がある可能性がある[3]。

シータ株は2021年7月、WHOによる注目すべき変異株（VOI）から除外された[4][5]。

経緯

2021年2月18日、フィリピン保健省は、患者からのサンプルがゲノム配列決定を受けるために送られた後、中部ビサヤ地方でCOVID-19の2つの突然変異が検出されたことを確認した。突然変異は後に「E484K」と「N501Y」と名付けられ、50サンプル中37サンプルで検出され、両方の突然変異がこれらのうち29サンプルで同時発生した。亜種の正式な名前はなく、完全なシーケンスはまだ特定されていなかった[1]。

2021年3月12日、日本はフィリピンからの旅行者で見つかった新しいコロナウイルス変異株を検出した[2]。

2021年3月13日、保健省は、突然変異が「系統 P.3」として指定された変異株を構成することを確認した。同日、同国で最初の系統 P.1の症例も確認された。P.1とP.3の亜種は同じ系統であるB.1.1.28に由来するが、同省は、ワクチンの有効性と伝染性に対するP.3の亜種の影響はまだ確認されていないと述べた[6]。

2021年3月17日、イギリスは最初の2つの症例を確認し、イングランド公衆衛生庁（英語版）（PHE）はそれを「VUI-21MAR-02」と名付けた[7]。

2021年4月30日、マレーシアのサラワク州で8例の系統 P.3を検出した[8]。

突然変異

→「SARSコロナウイルス2の変異株 § ミスセンス変異」も参照

7つのスパイクタンパク質変異を含む、すべてのサンプル（赤色でラベル付け）で合計14個のアミノ酸置換が確認された。スパイクタンパク質変異の中で、4つは以前に懸念の系統（E484K、N501Y、D614G、P681H）に関連付けられていたが、タンパク質のC末端領域に向かって3つの追加の置換が確認された（E1092K、H1101Y、V1176F）。興味深いことに、ORF8（つまりK2Q）での単一のアミノ酸置換もすべてのサンプルで見つかった。33個のサンプル（緑色でラベル付け）のうち32個には、スパイクタンパク質の位置141〜143での3アミノ酸の欠失を含む3つの他の変異が見られた。最後に、5つの同義変異（灰色でラベル付け）もすべてのケースで検出された[9]。

系統 P.3の変異
遺伝子 アミノ酸
ORF1ab F924F
D1554G
S2433S
L3201P
D3681E
N3928N
L3930F
P4715L
A5692V
S LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
N R203K
G204R
系統 P.3の特徴的な変異[10]
遺伝子 アミノ酸
ORF1a D1554G
S2625F
D2980N
L3201P
D3681E
L3930F
ORF1b P314L
L1203F
A1291V
S LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
N R203K
G204R

統計

国別の事例 （2021年6月4日現在）
国 事例 参照
  フィリピン 162 [11][12][13][14]
  マレーシア 12 [15][16]
  ドイツ 9 [17]
  アメリカ合衆国 8 [17]
  イギリス 7 [17]
  オランダ 6 [17]
  日本 4 [17]
  香港 3 [17]
  オーストラリア 2 [17]
  ニュージーランド 2 [17]
  ノルウェー 2 [17]
  シンガポール 2 [17]
  韓国 1 [17]
合計 220

脚注

[脚注の使い方]
  1. ^ a b ニュース, CNNフィリピン (2021年2月18日). “DOH confirms new COVID-19 mutations in Central Visayas”. https://www.cnnphilippines.com/news/2021/2/18/two-covid-mutations-of-concern-cebu-doh-central-visayas.html 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠
  2. ^ a b ニュース, 共同通信社 (2021年3月12日). “New coronavirus variant found in traveler from Philippines: Japan”. https://english.kyodonews.net/news/2021/03/f490b9d06b6d-new-coronavirus-variant-found-in-traveler-from-philippines-japan.html 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |first=の値が不正です。 (説明); |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠⚠
  3. ^ ニュース, ジャパンタイムズ (2021年3月12日). “Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines”. https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |first=の値が不正です。 (説明); |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠⚠
  4. ^ “Tracking SARS-CoV-2 variants” (英語). who.int. World Health Organization. 2021年8月1日閲覧。
  5. ^ 感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規変異株について （第11報） - 国立感染症研究所 (2021年7⽉17⽇) 、2021年8月15日閲覧。
  6. ^ ニュース, ABS-CBN (2021年3月13日). “DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant”. https://news.abs-cbn.com/news/03/13/21/doh-confirms-new-covid-19-variant-first-detected-in-ph-first-case-of-brazil-variant 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |first=の値が不正です。 (説明); |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠⚠
  7. ^ ニュース, Rappler (2021年3月17日). “England reports 2 cases of new COVID-19 variant found in Philippines”. https://www.rappler.com/nation/england-reports-cases-covid-19-variant-found-philippines 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |first=の値が不正です。 (説明); |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠⚠
  8. ^ “Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines” (英語) (2021年4月30日). 2021年4月30日閲覧。
  9. ^ Center, Philippine Genome. “PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program”. Philippine Genome Center. 2021年5月2日閲覧。
  10. ^ “P.3 Lineage Report”. outbreak.info. 2021年5月9日閲覧。
  11. ^ ニュース, Inquirer.net (2021年4月18日). “DOH reports detection of 642 cases of three COVID-19 variants”. https://newsinfo.inquirer.net/1420570/doh-reports-detection-of-642-cases-of-three-covid-19-variants 2021年5月2日閲覧。  {{cite news}}: |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠
  12. ^ ニュース, GMA (2021年5月4日). “DOH: Philippines detects more cases of coronavirus variants”. https://www.gmanetwork.com/news/news/nation/786161/doh-philippines-detects-more-cases-of-coronavirus-variants/story/ 2021年5月4日閲覧。  {{cite news}}: |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠
  13. ^ ニュース, PhilippineStar (2021年5月15日). “Philippines detects 10 more cases of coronavirus variant first detected in India”. https://www.philstar.com/headlines/2021/05/15/2098475/philippines-detects-10-more-cases-coronavirus-variant-first-detected-india 2021年5月15日閲覧。  {{cite news}}: |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠
  14. ^ News, ABS-CBN (2021年5月29日). “DOH logs new COVID-19 variant cases in PH; only 26 active”. https://news.abs-cbn.com/news/05/29/21/philippines-covid19-variant-cases-update-may292021 2021年5月29日閲覧。  {{cite news}}: |last=に無意味な名前が入力されています。 (説明)⚠
  15. ^ “Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines” (英語) (2021年4月30日). 2021年5月2日閲覧。
  16. ^ “Health Ministry: 119 Covid-19 cases from Variant of Concern and Variant of Interest strains” (英語) (2021年5月31日). 2021年6月2日閲覧。 “...while of the VOIs, 12 cases are from the P.3 (Phillipines) variant...”
  17. ^ a b c d e f g h i j k “PANGO lineages”. cov-lineages.org. 2021年5月9日閲覧。

関連項目

外部リンク

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