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Dal [[1468]], per volere del vescovo di Recanati [[Nicolò de Astis]], si diedero inizio ai grandi lavori della Basilica, ben protetta da imponenti muraglioni che le danno ancora oggi l'aspetto di una fortezza. L'anno seguente [[Papa Paolo II]] diede forte impulso al cantiere. Infatti da qualche tempo gravava la grande minaccia dei [[Ottomani|Turchi]], atti a continue scorribande nell'[[Adriatico]] e a violente razzie, distruzioni e uccisioni una volta approdati a terra.
[[File:Veduta Loreto nel 1614 - (Laureta) xylogravure de Sebastian Münster Cosmographia - Veduta di Loreto -.png|sinistra|miniatura|Veduta di Loreto nel 1614 - (Laureta) incisione su legno di Sebastian Münster Cosmographia]]Notizie di tentativi di sbarchi si hanno nel [[1456]] a [[Porto Recanati]], col pieno proposito di assaltare il Santuario, ma lo sbarco fu coraggiosamente respinto dagli abitanti; un altro vi fu nel [[1479]] a [[Grottammare]] con gravi conseguenze e un altro ancora l'anno seguente con stragi in [[Puglia]].
Il 5 giugno [[1518]] il sultano turco [[Selim I]], detto Il Crudele, assaltò [[Porto Recanati]] riuscendo a penetrare nel castello e a depredarlo. Il terrore scaturito da questo gesto spinse [[Papa Leone X]] ad ordinare la costruzione di una nuova e forte cinta muraria in brevissimo tempo. Furono impiegati tre grandi architetti del tempo: Cristoforo Resse da [[Imola]], [[Andrea Sansovino]] e [[Antonio da Sangallo il Giovane]]. Al contempo furono messi al lavoro ben 400 operai.
[[Papa Sisto V]] diede un forte impulso allo sviluppo urbanistico di Loreto. Istituì i [[cavalieri lauretani]], un ordine cavalleresco specifico a tutela della Santa Casa. Con la sua bolla del [[1586]] elevò il borgo a città e così Loreto vide notevolmente aumentare la sua popolazione e crebbe il numero di pellegrini, tanto che si dovette pensare a un nuovo acquedotto atto a condurre l'acqua delle vigne di [[Recanati]] alla piazza del Santuario, completato il 2 dicembre [[1606]]. Nell'ultimo quarto del sec. XVI, Papa Sisto V assegnò a Pompeo Floriani, ingegnere militare, l'esecuzione di un nuovo progetto urbanistico e della Porta Romana.
=== Le vicende napoleoniche ===
Spariti i Turchi arrivò la minaccia napoleonica. [[Napoleone Bonaparte]] stava svolgendo la sua [[Campagna d'Italia (1796-1797)|campagna d'Italia]] e, vittorioso, costrinse il 23 giugno [[1796]] [[papa Pio VI]] a firmare l'[[armistizio di Bologna]], in cui permetteva l'occupazione di [[Ancona]] (assieme alla stessa [[Bologna]] e [[Ferrara]]) da parte dell'esercito francese. [[File:Annibale Carracci, Natività della Vergine, Louvre.JPG|miniatura|upright=0.7|Natività della Vergine, opera di [[Annibale Carracci]] dipinta nel 1598-99 per la Basilica di Loreto e oggi conservata nel [[Museo del Louvre|Louvre]]|alt=]]
Mentre le principali città delle [[Marche]] settentrionali spingevano per la proclamazione della [[Repubblica Anconitana]] al fine di non tornare sotto lo [[Stato Pontificio]], Loreto, da sempre papalina, trepidava per il saccheggio al tesoro del Santuario.
Il 9 febbraio [[1797]], alle sette di sera, Napoleone - diretto a [[Tolentino]] - giunse a Loreto fermandosi a Porta Romana.
[[File:NotreDamedeLoretteNapoléon.jpg|sinistra|miniatura|Incisione che recensisce le sante Reliquie e la statua della Santa Casa mandati a Parigi durante la campagna napoleonica del 1796-97]]
Qualche notabile lo accolse offrendogli anche le chiavi della città, ma su un bastione vicino era appostato un uomo che armato di fucile aprì il fuoco. La carica fece cilecca e l'attentatore fu preso e fucilato in Piazza dei Galli.
Il giorno seguente i soldati francesi portarono via tutto quanto trovarono. Nonostante il tesoro fosse già stato stipato in tante grosse botti da vino e trasportato a [[Roma]], dove fu nascosto a [[Castel Sant'Angelo]] per ordine di [[papa Pio VI]], sembra che i francesi requisirono 94 chili d'oro e 17 quintali d'argento, quadri e cristalli di Boemia dagli armadi. Napoleone entrò anche nella Santa Casa e pose il suo sigillo sulla statua della Madonna ordinando di spedirla a [[Parigi]] insieme al tesoro.
Durante il periodo di esilio il culto della ''Vergine Lauretana'' nella Santa Casa di Loreto fu affidato al simulacro in legno di pioppo (identico all'originale), oggi conservato a [[Cannara]] ([[Perugia]]) e che attualmente rimane l'unico esemplare del periodo napoleonico, dopo l'incendio della statua originale del [[1921]], ad essere stato venerato nella Santa Casa<ref>''«La statua della Vergine Lauretana di Cannara. Storia, Tradizione e Culto. Il Restauro»'', a cura di Ottaviano Turrioni, Spello 2005.</ref>. Con il [[trattato di Tolentino]] la statua originale finì a Roma per poi tornare, con un viaggio da "[[Madonna pellegrina]]" di otto giorni, a Loreto, dove giunse il 9 dicembre [[1801]].
Le razzie di cui fu fatta oggetto la città sono rievocate da [[Agostino Rivarola]] in una lettera del marzo 1797. In questo scritto, monsignor Rivarola in particolare chiama in causa le responsabilità di Ludovico Sensi, prelato schieratosi con l'invasore e da questi nominato governatore generale. Stando alla testimonianza, Sensi dopo aver preso parte al ladrocinio si sarebbe persino recato «in Chiesa coi muratori» per «demolire la Santa Casa», ma tale fu lo sdegno della popolazione di fronte a questo proposito che lo «scelerato» fu costretto a desistere<ref>Luca Sansone (a cura di), Lettere e carte politiche di monsignor Rivarola governatore di San Severino e Macerata, p.21</ref>.
=== Ottocento ===
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