All'Ambasciata Britannica di Vienna 18 Mesi prima Jack incontra Irina ad un ricevimento. Jack rivela a Irina che sa del sicario ingaggiato da lei per uccidere Sydney. Irina risponde che non era previsto che lui lo dovesse sapere. Subito Jack uccide Irina con un colpo alla fronte e lei cade in piscina. All'APO si discute sull'informazione di Dixon che ha visto Irina Viva e prigioniera; Jack parlando con Sydney giudica improbabile la cosa. L’ APOL’APO indaga su Irina, se in realtà può essere ancora viva o meno. A Marshall arriva un filmato su cosa sta succedendo a Mosca; sui cieli di Mosca è stato attivato il congegno di Muller ma questa volta è grande sei isolati e può contagiare tutta la popolazione rendendola più violenta. Subito capiscono che è opera di Elena Derevko e Sloane così per scoprire dove si nascondono, sfruttano l'indice Blackwell, un database di informatori, per rintracciare un loro complice e avere informazioni. Prima della missione a Ibiza, Vaughn vorrebbe chiedere a Sydney di diventare sua moglie ma viene interrotto da Marshall, in seguito devono partire con urgenza per la gravità della situazione e così Vaughn non fa in tempo a chiederglielo. Vaughn e Sydney sono a Ibiza e cercano un informatore da cui sapranno che la persona che ha ucciso Jack non era la vera Irina ma un clone, quindi Sydney capisce che sua madre è ancora viva e si trova a Tikal imprigionata da Elena. Jack e Nadia raggiungono Sydney a Tikal per andare in missione a recuperare Irina. Nadia e Sydney liberano Irina, ma durante la missione vengono scoperte da alcuni soldati così finiscono in una lotta e Sydney casca in una trappola ma viene salvata da Irina. Giunti al punto di recupero Irina da un cazzotto a Jack per quello che aveva fatto, e partono per Los Angeles. Durante il viaggio in aereo Irina racconta a Sydney delle torture che aveva subito da Elena per farla parlare, perché Irina era venuta in possesso di una profezia di Rambaldi che in seguito lei stessa aveva distrutto, perciò era l’unica haa sapere il contenuto della profezia. Nadia parla Irina e gli rivela che lei è sua figlia. Arrivati a Los Angeles Irina viene arrestata dal caporale Chase, Sydney sapendo che l’unica a poter disattivare il congegno di Muller è sua madre, va dal Direttore Chase per convincerla a revocare l'ordine d'arresto di sua madre Irina. Sydney convince la Chase ma ad un patto, che Irina potrà andare in missione ma dopo dovrà scontare il resto della sua vita in carcere. Sull’ aereoSull’aereo per Mosca, Vaughn finalmente chiede a Sydney se vuole diventare sua moglie, lei un po’ stupita gli risponde di si però chiede a Vaughn di richiederglielo quando la missione sarà finita, sulla spiaggia di Santa Barbara. Sydney, Vaughn, Jack, Irina e Nadia si paracadutano su Mosca.
