Warren disputò due partite nella sua prima stagione a Penn State.[1] L'anno seguente giocò sia come tight end che come fullback, facendo registrare 5 ricezioni per 61 yard e un touchdown, oltre a correre sei volte per 6 yard e segnare altri due touchdown.[2] Nella terza stagione ricevette 10 passaggi per 123 yard e 3 touchdown.[3] Contro USC pareggiò un record del college football per un tight end con 17 ricezioni.[4] Nel 2024 ricevette 104 passaggi per 1.233 yard e 8 touchdown (più altri 4 su corsa), vincendo il John Mackey Award come miglior tight end del football universitario, venendo premiato come All-American e inserito nella formazione ideale della Big Ten Conference.[5]
Warren era considerato il miglior tight end selezionabile nel Draft NFL 2025.[6][7] Il 25 aprile fu chiamato come 14º assoluto dagli Indianapolis Colts.