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I più antichi resti fossili attribuibili a rinoceronti indiani e di Giava, gli unici membri del genere ''Rhinoceros'', risalgono a circa 1,6-3,3 milioni di anni fa. Le analisi molecolari, tuttavia, suggeriscono che le due specie si separarono tra loro molto tempo prima, verso gli 11,7 milioni di anni fa<ref name="Tougard">{{cita libro|autore=C. Tougard, T. Delefosse, C. Hoenni and C. Montgelard|anno=2001|url=http://www.ibiologia.unam.mx/pdf/directorio/c/cervantes/clases/masto/phylogeneticRelationships.pdf|titolo=Phylogenetic relationships of the five extant rhinoceros species (Rhinocerotidae, Perissodactyla) based on mitochondrial cytochrome b and 12s rRNA genes|periodico=Molecular Phylogenetics and Evolution|volume='''19''' (1)|pagine=34-44|doi=10.1006/mpev.2000.0903|pmid=11286489}}</ref>. Nonostante appartengano al genere tipo, si ritiene che i rinoceronti indiani e di Giava non siano strettamente imparentati con altre specie di rinoceronte. Vari studi hanno ipotizzato che essi siano maggiormente imparentati con i generi estinti ''Gaindatherium'' o ''Punjabitherium''. Un'analisi [[Clade|cladistica]] dettagliata della famiglia dei Rinocerotidi colloca ''Rhinoceros'' e il genere estinto ''Punjabitherium'' in un clade assieme a ''[[Dicerorhinus sumatrensis|Dicerorhinus]]'', il rinoceronte di Sumatra. Altri studi hanno suggerito che il rinoceronte di Sumatra sia più strettamente imparentato con le due specie africane<ref name="Cerdeno">{{cita libro|autore=Esperanza Cerdeño|url=http://digitallibrary.amnh.org/dspace/bitstream/2246/3566/1/N3143.pdf|formato=PDF|periodico=Novitates|editore=[[American Museum of Natural History]]|anno=1995|titolo=Cladistic Analysis of the Family Rhinocerotidae (Perissodactyla)|issn=0003-0082|accesso=4 novembre 2007|issue=3143}}</ref>. Il rinoceronte di Sumatra potrebbe essersi separato dagli altri rinoceronti asiatici 15 milioni di anni fa<ref name="Lacombat"/>, o addirittura 25,9 milioni di anni fa, stando a ciò che indicano i dati mitocondriali<ref name="Tougard"/>.
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[[File:Javan Rhino 1900.jpg|thumb|left|
Like the Indian rhino, the Sunda rhinoceros has a single horn (the other extant species have two horns). Its horn is the smallest of all extant rhinos, usually less than {{convert|20|cm|in|abbr=on}} with the longest recorded only {{convert|27|cm|in|abbr=on}}. Only males have horns. Female Sunda rhinos are the only extant rhinos that remain hornless into adulthood, though they may develop a tiny bump of an inch or two in height. The Sunda rhinoceros does not appear to often use its horn for fighting, but instead uses it to scrape mud away in wallows, to pull down plants for eating, and to open paths through thick vegetation. Similar to the other browsing species of rhino (the black, Sumatran, and Indian), the Sunda rhino has long, pointed, upper lips which help in grabbing food. Its lower [[incisor]]s are long and sharp; when the Sunda rhino fights, it uses these teeth. Behind the incisors, two rows of six low-crowned [[Molar (tooth)|molars]] are used for chewing coarse plants. Like all rhinos, the Sunda rhino smells and hears well, but has very poor vision. They are estimated to live for 30 to 45 years.<ref name="van Strien" />
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