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Nelle acque australiane si trova un'enorme varietà di invertebrati marini; in particolare la [[Grande barriera corallina|Grande Barriera Corallina]] ospita gran parte di questa diversità. Gruppi particolarmente ben rappresentati sono i [[Porifera|Poriferi]] o spugne,<ref name=e497>{{cita|Egerton, 2005|p. 497}}.</ref> gli [[Cnidaria|Cnidari]] ([[Medusa (zoologia)|meduse]], [[Anthozoa|coralli]] e [[Actiniaria|anemoni di mare]]), gli [[Ctenophora|Ctenofori]],<ref name=e499>{{cita|Egerton, 2005|pp. 499-506}}.</ref> gli [[Echinodermata|Echinodermi]] ([[Echinoidea|ricci di mare]], [[Asteroidea|stelle marine]], [[Ophiuroidea|stelle serpentine]] e [[Holothuroidea|cetrioli di mare]]), i [[Brachiopoda|Brachiopodi]]<ref name=e597>{{cita|Egerton, 2005|pp. 597-606}}.</ref> e i Molluschi ([[Chiocciola|chiocciole]], [[Lumaca|lumache]], [[Patellogastropoda|patelle]], [[Teuthida|calamari]], [[Octopoda|polpi]], [[Cardiidae|cardi]], [[Ostreidae|ostriche]], [[Vongola|vongole]] e [[Polyplacophora|chitoni]]).<ref name=e494>{{cita|Egerton, 2005|p. 494}}.</ref> Tra gli invertebrati velenosi ricordiamo la [[Chironex fleckeri|vespa di mare]], il [[Hapalochlaena|polpo dagli anelli blu]],<ref name=ill>{{cita|Egerton, 2005|pp. 502, 596}}.</ref> e dieci specie di [[Conidae|conidi]], che possono causare insufficienza respiratoria e morte negli esseri umani.<ref name=ill/> La [[Acanthaster planci|stella di mare corona di spine]] di solito popola la barriera corallina a basse densità; tuttavia, in condizioni che non sono ancora ben comprese, può riprodursi fino a raggiungere una densità di popolazione insostenibile quando i coralli vengono divorati a una velocità superiore a quella con cui si rigenerano: ciò rappresenta una seria minaccia per la conservazione della barriera corallina. Altri invertebrati marini problematici comprendono sia specie autoctone come il riccio di mare viola e il riccio di mare bianco, che in alcuni casi, a causa dell'eccessivo sfruttamento dei loro predatori naturali, come [[Haliotidae|abaloni]] e [[Jasus edwardsii|aragoste]], possono impossessarsi di interi habitat marini, ricoprendo il fondale con migliaia di esemplari; che introdotte, come la [[Arcuatula senhousia|cozza asiatica]], la [[Perna canaliculus|cozza verde della Nuova Zelanda]], la [[Mytilopsis sallei|cozza a strisce nere]] e la [[Asterias amurensis|stella marina del Pacifico settentrionale]], che soppiantano tutti i molluschi autcoctoni.
Ci sono molti crostacei marini unici nelle acque australiane. La classe più nota, a cui appartengono tutte le specie commestibili di crostscei, è [[Malacostraca]]. Le calde acque dell'Australia settentrionale ospitano molte specie di crostacei [[Decapoda|decapodi]], come [[Brachyura|granchi]], [[Anomura|falsi granchi]], [[Paguroidea|paguri]], [[Palinuridae|aragoste]], [[Caridea|gamberetti]] e [[Dendrobranchiata|gamberi]]. I [[Peracarida|peracaridi]], quali [[Amphipoda|anfipodi]] e [[Isopoda|isopodi]], sono più diversificati nelle acque più fredde dell'Australia meridionale. Gruppi marini meno noti ma ben rappresentati sono le classi [[Remipedia]], [[Cephalocarida]], [[Branchiopoda]], [[Maxillopoda]] (cui appartengono i [[
==Invasive species==
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