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L'Australia è membro della [[Commissione internazionale per la caccia alle balene|Commissione baleniera internazionale]] e si oppone fermamente alla caccia commerciale alle balene: nelle acque australiane tutte le specie di cetacei sono protette.<ref>{{cita web | url=http://www.environment.gov.au/coasts/species/cetaceans/conservation/index.html | titolo=Whale Protection – How is Australia protecting whales? | sito=Environment.gov.au | data=11 giugno 2010 | accesso=24 luglio 2011 | urlmorto=no | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20110811091037/http://www.environment.gov.au/coasts/species/cetaceans/conservation/index.html}}</ref> L'Australia è anche firmataria dell'accordo [[CITES]] e proibisce l'esportazione di specie in via di estinzione. Per proteggere e preservare gli ecosistemi unici del paese sono state create [[Parchi nazionali dell'Australia|aree protette]] in ogni stato e territorio. Queste aree protette includono parchi nazionali e riserve di altro tipo, così come 64 zone umide registrate ai sensi della [[Convenzione di Ramsar]] e 16 siti [[patrimonio dell'umanità]]. Nel 2002, il 10,8% della superficie australiana (un'estensione pari a {{M|774619,51}} km²) godeva di un qualche grado di protezione.<ref>{{cita web | autore=Department of the Environment and Heritage | anno=2002 | url=https://web.archive.org/web/20111115093748/http://environment.gov.au/parks/nrs/science/capad/2002/index.html}}</ref> Per preservare la biodiversità marina, in molte zone sono stati istituiti anche parchi marini: nel 2002, queste aree coprivano circa il 7% ({{M|646000}} km²) delle acque territoriali dell'Australia.<ref>{{cita web | autore=Department of the Environment and Heritage | anno=2002 | titolo=About the National Representative System of Marine Protected Areas (NRSMPA) | url=https://web.archive.org/web/20070906213557/http://www.environment.gov.au/coasts/mpa/nrsmpa/index.html}}</ref> La gestione della [[Grande barriera corallina|Grande Barriera Corallina]] è affidata alla Great Barrier Reef Marine Park Authority in base a specifiche leggi federali e statali. Alcune delle risorse ittiche australiane sono già [[Sovrapesca|sovrasfruttate]],<ref>{{cita libro | curatore=G. Newton e J. Boshier | anno=2001 | titolo=Coasts and Oceans Theme Report, Australia State of the Environment Report 2001 | url=https://web.archive.org/web/20120112225809/http://www.environment.gov.au/soe/2001/publications/theme-reports/coasts/pubs/coasts.pdf | editore=CSIRO Publishing on behalf of the Department of the Environment and Heritage | città=Canberra | isbn=0-643-06749-3}}</ref> e sono state stabilite quote per il prelievo sostenibile di molte specie marine.
Il ''rapporto sullo stato dell'ambiente del 2001'', redatto da ricercatori indipendenti per conto del governo federale, concluse che le condizioni dell'ambiente e la gestione ambientale in Australia erano peggiorate rispetto al precedente rapporto del 1996. Di particolare rilevanza per la conservazione della fauna selvatica, il rapporto ha indicato molte cause che pongono gravi problemi alla protezione della biodiversità, tra cui la [[salinizzazione]], le condizioni idrologiche fluttuanti, la bonifica dei terreni, la frammentazione degli ecosistemi, la cattiva gestione dell'ambiente costiero e le [[Specie alloctona|specie invasive]].<ref>{{cita libro | autore=Australian State of the Environment Committee | anno=2001 | titolo=Australia State of the Environment 2001 | url=https://web.archive.org/web/20101101221045/http://environment.gov.au/soe/2001/publications/report/index.html | editore
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