Sebbene non fosse un prete ma un laico, subito dopo l'[[Conclave del 1455|elevazione di suo zio al papato]], fu incaricato di diversi uffici e onori. Nella primavera del 1456 fu nominato [[Capitano generale della Chiesa]] e castellano di [[Castel Sant'ANgelo|Sant'Angelo]], nell'autunno dello stesso anno papa lo fece governatore di [[Terni]], [[Narni]], [[Todi]], [[Rieti]], [[Orvieto]], [[Spoleto]], [[Foligno]], [[Nocera]], [[Assisi]], [[Amelia]], [[Civita Castellana]] e [[Nepi]], e all'inizio del 1457 furono aggiunti i governatorati delle province del Patrimonio e della Toscana.<ref>L. [1]Pastor, p. 460.</ref> Allo stesso tempo, suo fratello maggiore Rodrigo Borgia fu creato cardinale Diacono, comandante in capo delle truppe papali e vicecancelliere della Santa Romana Chiesa , mentre un altro parente Luis Juan del Mila y Borja fu elevato al cardinalato. Tali promozioni rapide di giovani parenti del papa spagnolo Callisto III furono criticate da molti cardinali più anziani (ad esempio Domenico Capranica ) e incontrarono anche l'opposizione della popolazione romana piuttosto xenofoba. [2] In particolare la famiglia Orsini si oppose a Borgias. La loro inimicizia verso di loro aumentò quando Don Pedro Luis fu mandato a recuperare per la Chiesa alcune fortezze custodite da Orsini, e il 19 agosto 1457 fu nominato Prefetto di Roma in successione ad Antonio Orsini . [3] Per controbilanciare Orsini, Callisto III si schierò con la famiglia Colonna , oppositori di Orsini, ma il piano del matrimonio di Don Pedro Luis con Colonna non era mai stato realizzato. [2]
Si diceva che papa Callisto III volesse farlo diventare imperatore di Costantinopoli dopo il suo recupero dai turchi. [4]