Nel [[1988]] [[papa Giovanni Paolo II]] lo nominò segretario della [[Pontificia commissione "Ecclesia Dei"]]. Con un lavoro all'apparenza di secondo piano provò a sostenere la causa della tradizione. In primo luogo cercò di aiutare i gruppi di credenti e le comunità di tradizionaliste a ritornare alla piena comunione con [[Roma]]. Ebbe sempre in mente la riconciliazione con la [[Fraternità sacerdotale San Pio X]]. Nel [[1990]] molti davano per probabile la sua nomina ad arcivescovo di [[Arcidiocesi di Lussemburgo|Lussemburgo]]. Questa nomina tuttavia non arrivò, probabilmente a causa della contrarietà dell'arcivescovo uscente, monsignor [[Jean Hengen]]. Monsignor Perl rimase quindi nella commissione dove affiancò i successivi due presidenti, i cardinali [[Antonio Innocenti]] (1991-1995) e [[Angelo Felici]] (1995-2000). Per la tradizione, questo fu un decennio piuttosto sprecato perché i due italiani mancavano di una reale comprensione del disagio provato dai circoli tradizionali. La situazione migliorò durante la presidenza del cardinale [[Darío Castrillón Hoyos]] (2000-2009) che si preoccupava di più del rispetto delle disposizioni legali formali. Monsignor Perl entrò in una nuova era di possibilità creative.
(Il 7 luglio [[2007]] [[papa Benedetto XVI]] pubblicò il ''[[motu proprio]]'' ''[[Summorum Pontificum]]'' che contiene le indicazioni giuridiche e liturgiche attualmente in vigore per la celebrazione della cosiddetta [[messa tridentina]], più precisamente la messa celebrata secondo "il [[Messale Romano]] promulgato da S. Pio V e nuovamente edito dal B. Giovanni XXIII"<ref>[http://w2.vatican.va/content/benedict-xvi/it/motu_proprio/documents/hf_ben-xvi_motu-proprio_20070707_summorum-pontificum.html#_ftnref2 ''Motu proprio''], articolo 1</ref> oppure secondo "il Messale Romano edito dal beato Papa Giovanni XXIII nel [[1962]]"<ref>''Motu proprio'', articolo 2</ref> oppure secondo "l'ultima stesura del ''Missale Romanum'', anteriore al [[Concilio Vaticano II|Concilio]], che è stata pubblicata con l'autorità di Papa Giovanni XXIII nel 1962 e utilizzata durante il Concilio".<ref>[http://w2.vatican.va/content/benedict-xvi/it/motu_proprio/documents/hf_ben-xvi_motu-proprio_20070707_summorum-pontificum.html#_ftnref2 Lettera di accompagnamento]</ref> Le disposizioni del ''[[Summorum Pontificum]]'' entrarono in vigore il 14 settembre [[2007]], festa dell'[[esaltazione della Santa Croce]], e sostituirono le precedenti norme contenute nella lettera della [[Congregazione per il culto divino e la disciplina dei sacramenti|Congregazione per il culto divino]] ''Quattuor abhinc annos'' del [[1984]] e nel ''[[motu proprio]]'' papale ''[[Pontificia commissione "Ecclesia Dei"#Fondazione|Ecclesia Dei adflicta]]'' del [[1988]]. A loro volta le disposizioni del 2007 sono state superate da quelle del ''motu proprio'' ''[[Traditionis custodes]]'' del 16 luglio 2021).
Le disposizioni del ''[[Summorum Pontificum]]'' entrarono in vigore il 14 settembre [[2007]], festa dell'[[esaltazione della Santa Croce]], e sostituirono le precedenti norme contenute nella lettera della [[Congregazione per il culto divino e la disciplina dei sacramenti|Congregazione per il culto divino]] ''Quattuor abhinc annos'' del [[1984]] e nel ''[[motu proprio]]'' papale ''[[Pontificia commissione "Ecclesia Dei"#Fondazione|Ecclesia Dei adflicta]]'' del [[1988]].
Il 13 marzo [[2008]] [[papa Benedetto XVI]] lo nominò vicepresidente della [[Pontificia commissione "Ecclesia Dei"]], un ufficio fino a quel momento inesistente e che lo mise al primo posto nella successione alla presidenza, cosa che poi tuttavia non avvenne.
