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Le principali fasce di vegetazione del Sudan del Sud corrono in successione da nord-ovest a sud-est, più o meno in coincidenza dell'entità delle precipitazioni. Vi sono una [[savana]] (prateria) arida, una savana umida, entrambe con pianure alluvionali interne, e una zona a vegetazione montana.
Le savane aride sono costituite da erbe e alberi spinosi. Gli alberi di acacia dominano queste savane, e da una di queste specie, ''[[Acacia senegal|A. senegal]]'', si ricava la [[gomma arabica]], che è stata a lungo uno dei principali prodotti esportati dal Sudan. Le savane umide del settore centro-meridionale del Paese sono più lussureggianti, con ricchi pascoli lungo il Nilo che alimentano un gran numero di bovini domestici. Le aree boschive sparse che costellano questa fascia si fondono gradualmente verso sud con la foresta pluviale vera e propria, della quale attualmente rimangono solo pochi frammenti nelle zone più meridionali del Paese.
La fauna selvatica del Paese comprende leoni, leopardi e ghepardi, nonché elefanti, giraffe, zebre, bufali, ippopotami, facoceri e numerose varietà di antilope, quali gazzelle, taurotraghi e alcelafi. Scimpanzé, babbuini e scimmie sono diffusi nelle foreste. L'avifauna comprende struzzi, alcune specie di pernice, gru, cicogne, pellicani, pivieri, tessitori e averle. Tra i rettili figurano coccodrilli e varie lucertole. Decenni di guerra civile hanno gravemente danneggiato alcune popolazioni animali, come quelle di elefanti e ippopotami. Gli insetti sono numerosi. Le zanzare infestano le sponde dei fiumi e le paludi, e le mosche serut (grosse mosche ematofaghe) costituiscono un flagello durante i mesi umidi. La mosca tse-tse è presente generalmente nelle aree boschive o nei loro pressi o nelle fasce di vegetazione che si sviluppano lungo i corsi d'acqua.
Il Sudan del Sud ospita alcuni parchi nazionali e riserve di caccia, tra cui i parchi nazionali del Sud e di Badingilo, situati nel sud del Paese. Il parco nazionale di Boma, nell'est, è noto per essere teatro della più numerosa migrazione di mammiferi del mondo.
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