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* '''''R. s. sondaicus''''' <span style="font-variant: small-caps">[[Anselme Gaetan Desmarest|Desmarest]], [[1822]]</span>, la sottospecie nominale, nota come '''rinoceronte di Giava indonesiano''', originaria di Giava e Sumatra. L'unica popolazione rimasta, costituita da non più di 50 esemplari allo stato selvatico, è confinata nel parco nazionale di Ujung Kulon nell'estremità occidentale dell'isola di Giava. Un ricercatore ha ipotizzato che i rinoceronti di Giava che un tempo erano diffusi a Sumatra appartenessero a una sottospecie distinta, ''R. s. floweri'', ma questa teoria non è stata ampiamente riconosciuta<ref name="IUCN2011.2">van Strien, N.J., Steinmetz, R., Manullang, B., Sectionov, Han, K.H., Isnan, W., Rookmaaker, K., Sumardja, E., Khan, M.K.M. & Ellis, S. 2008. [http://www.iucnredlist.org/apps/redlist/details/19495/0 Rhinoceros sondaicus]. In: IUCN 2011. [[Lista rossa IUCN|IUCN Red List of Threatened Species]]. Version 2011.2</ref><ref name="CG">{{cita libro|titolo=Genetic diversity, phylogeny and conservation of the Javan rhinoceros (Rhinoceros sondaicus)|periodico=Conservation Genetics|volume= '''7''' (3)|data=Giugno 2006|pagine=439-448|autore=Prithiviraj Fernando, Gert Polet, Nazir Foead, Linda S. Ng, Jennifer Pastorini and Don J. Melnick|doi=10.1007/s10592-006-9139-4}}</ref>;
* '''''R. s. annamiticus''''' <span style="font-variant: small-caps">[[Pierre Marie Heude|Heude]], [[1892]]</span>, nota come '''rinoceronte di Giava vietnamita''' o '''rinoceronte del Vietnam''', originaria di Cina meridionale, Vietnam, [[Cambogia]], [[Laos]], [[Thailandia]] e [[Malesia]]. Deve l'epiteto ''annamiticus'' alla [[Catena Annamita|Cordigliera Annamita]], una catena montuosa del Sud-est asiatico che ricade entro i confini dell'areale storico della sottospecie. Nel 2006, un'unica popolazione, stimata a meno di 12 esemplari rimasti, viveva ancora in una zona di foresta di pianura del [[parco nazionale di Cat Tien]] in Vietnam. Le analisi genetiche suggerirono che questa sottospecie e il rinoceronte di Giava indonesiano si fossero separati in un periodo compreso tra 300.000 anni fa e 2 milioni di anni fa<ref name="IUCN2011.2"/><ref name="CG"/>. L'ultimo esemplare di questa popolazione è stato abbattuto da un bracconiere nel 2010<ref name="Gersmann">{{cita libro|autore=Hanna Gersmann|data=25 ottobre 2011|titolo=Javan rhino driven to extinction in Vietnam, conservationists say|periodico=The Guardian|url=http://www.guardian.co.uk/environment/2011/oct/25/javan-rhino-extinct-vietnam|accesso=25 ottobre 2011}}</ref>
* '''''R. s. inermis''''' <span style="font-variant: small-caps">[[René-Primevère Lesson|Lesson]], [[1838]]</span>, noto come '''rinoceronte di Giava indiano''', originario della regione compresa tra [[Bengala]] e [[Myanmar]], ma probabilmente scomparsa prima del 1925<ref name="scribd">
[http://www.scribd.com/doc/45114108/Old-Rhino-Accounts-in-Sundarbans Old Rhino Accounts in Sundarbans]. Scribd.com (2009-09-02). Retrieved on 2012-02-24.</ref>. L'epiteto specifico ''inermis'' significa «disarmato», in quanto la caratteristica principale di questa sottospecie era il corno particolarmente piccolo nei maschi e la sua evidente assenza nelle femmine. L'olotipo di questa sottospecie era una femmina priva di corno. La situazione politica del Myanmar ha impedito lo svolgersi di sopralluoghi per valutare lo status della specie nel Paese, ma
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