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Nei corsi d'acqua australiani sono state introdotte diverse specie esotiche di pesci d'acqua dolce, tra cui la [[Salmo trutta|trota comune]], il [[Salvelinus fontinalis|salmerino di torrente]], la [[Oncorhynchus mykiss|trota iridata]], il [[Salmo salar|salmone europeo]], il [[Oncorhynchus tshawytscha|salmone reale]], il [[Perca fluviatilis|pesce persico]], la [[Cyprinus carpio|carpa]] e la [[Gambusia holbrooki|gambusia]].<ref>{{cita libro | autore=R. Wager e P. Jackson | anno=1993 | titolo=The Action Plan for Australian Freshwater Fishes | url=https://web.archive.org/web/20050719035500/http://www.deh.gov.au/biodiversity/threatened/action/fish/index.html | editore=Queensland Department of Primary Industries Fisheries Division | isbn=0-642-16818-0}}</ref> La gambusia è una specie particolarmente aggressiva, nota per molestare e mordere le pinne di altri pesci. La sua presenza è stata collegata al declino e alla scomparsa locale di diverse specie di piccoli pesci autoctoni. Le specie di trota introdotte hanno avuto gravi impatti negativi su diverse specie di pesci autoctoni di montagna, come il [[Maccullochella macquariensis|merluzzo trota]], il [[Macquaria australasica|persico di Macquarie]] e il [[Galaxias olidus|galaxide di montagna]], nonché su altre specie di montagna come la [[Ranoidea spenceri|raganella di Spencer]]. La carpa è fortemente implicata nella drastica scomparsa delle alghe acquatiche, nel declino di piccole specie di pesci autoctoni e nell'intorbidimento delle acque nel [[bacino Murray-Darling]] nell'Australia sud-occidentale.
La maggior parte delle specie ittiche australiane sono marine e il 75% di esse vive in acque tropicali.<ref name=fishes>{{cita web | titolo=Dianne Bray | titolo=Introduction to Australia's Fishes | url=http://www.fishesofaustralia.net.au/home/content/166 | sito=Fishes of Australia | accesso=6 ottobre 2014 | urlmorto=sì | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20140822031656/http://fishesofaustralia.net.au/home/content/166}}</ref> Ciò si deve in parte all'enorme estensione di acque territoriali australiane, che coprono una superficie di 9 milioni di km².<ref name=fishes/> Tra i gruppi di particolare interesse ci sono le [[Muraenidae|murene]] e i [[Holocentridae|pesci scoiattolo]],<ref name=e413420>{{cita|Egerton, 2005|pp. 413, 420}}.</ref> così come i [[Syngnathinae|pesci pipa]] e i [[Hippocampus|cavallucci di mare]],<ref name=e433434>{{cita|Egerton, 2005|pp. 433-434}}.</ref> i cui maschi covano le uova della compagna in un'apposita tasca.<ref name=e434/> Nelle acque australiane vivono 80 specie di [[Epinephelinae|cernie]], tra cui uno dei [[Osteichthyes|pesci ossei]] più grandi del mondo, la [[Epinephelus lanceolatus|cernia gigante]], che può raggiungere i 2,7 m di lunghezza e i 400 kg di peso.<ref>{{IUCN|summ=7858|autore=S. Fennessy, D. A. Pollard e M. Samoilys | anno=2018 | titolo=Epinephelus lanceolatus}}</ref> I [[Carangidae|caranghi]], un gruppo di 50 specie di pesci argentati che si muovono in banco, e i [[Pagrus auratus|dentici]] sono specie popolari per la pesca commerciale.<ref name=e449451>{{cita|Egerton, 2005|pp. 449, 451}}.</ref> La [[Grande barriera corallina|Grande Barriera Corallina]] ospita un'enorme varietà di pesci tropicali di piccole e medie dimensioni, come i [[Pomacentridae|pesci damigella]], i [[Chaetodontidae|pesci farfalla]], i [[Pomacanthidae|pesci angelo]],<ref name=e459463>{{cita|Egerton, 2005|pp. 459-463}}.</ref> i [[Gobiidae|ghiozzi]], i [[Apogonidae|pesci cardinale]], i [[Labridae|labri]],<ref name=e446>{{cita|Egerton, 2005|pp. 446, 467-468, 478}}.</ref> i [[Balistidae|pesci balestra]] e i [[Acanthuridae|pesci chirurgo]].<ref name=e480>{{cita|Egerton, 2005|pp. 480, 486}}.</ref> Qui vivono anche diverse specie velenose, tra cui alcune specie di [[Synanceia|pesci pietra]] e [[Tetraodontidae|pesci palla]] e il [[Pterois volitans|red lionfish]], tutti dotati di tossine in grado di uccidere un essere umano.<ref name=e435>{{cita|Egerton, 2005|pp. 435, 489-490}}.</ref> Vi sono 11 specie velenose di [[Myliobatoidei|pastinache]], la più grande delle quali è la [[Dasyatis brevicaudata|pastinaca liscia]].<ref name=e406>{{cita|Egerton, 2005|p. 406}}.</ref> I [[Sphyraena|barracuda]] sono una delle specie più grandi della barriera corallina.<ref name=e481>{{cita|Egerton, 2005|p. 481}}.</ref> Tuttavia, i grossi pesci tropicali non dovrebbero essere mangiati, in quanto potrebbero provocare avvelenamenti da [[ciguatera]].
[[File:Wobbegong.jpg|thumb|Con una lunghezza di 3 m circa, il [[Orectolobus maculatus|wobbegong maculato]] è il [[Orectolobidae|wobbegong]] di maggiori dimensioni.<ref name=k12>{{cita|Kuiter, 2000|p. 12}}.</ref>]]
Gli [[Selachimorpha|squali]] vivono in tutte le acque costiere e negli ambienti estuarini del litorale australiano. Se ne contano 166 specie, tra cui 30 specie di [[Carcharhinidae|squali requiem]], 32 di [[Scyliorhinidae|gattucci]], sei di [[Orectolobidae|wobbegong]] e 40 di [[Squalidae|centrofori e centroscilli]]. Sono presenti tre specie della famiglia degli [[Heterodontidae|Eterodontidi]]: lo [[Heterodontus portusjacksoni|squalo testa di toro di Port Jackson]], lo [[Heterodontus zebra|squalo testa di toro zebra]] e lo [[Heterodontus galeatus|squalo testa di toro crestato]].<ref name=k8>{{cita|Kuiter, 2000|p. 8}}.</ref> Nel 2004, in Australia sono stati registrati 12 attacchi di squalo non provocati, di cui due fatali.<ref>{{cita web | autore=International Shark Attack File | anno=2005 | titolo=SAF Statistics for the Worldwide Locations with the Highest Shark Attack Activity Since 1990 | url=http://archive.wikiwix.com/cache/20110217024855/http://www.flmnh.ufl.edu/fish/sharks/statistics/statsw.htm | editore=Florida Museum of Natural History}}</ref> Solo 3 specie di squalo rappresentano una minaccia significativa per l'uomo: lo [[Carcharhinus leucas|squalo leuca]], lo [[Galeocerdo cuvier|squalo tigre]] e lo [[Carcharodon carcharias|squalo bianco]]. Alcune spiagge popolari del Queensland e del [[Nuovo Galles del Sud]] sono protette da reti anti-squalo, un metodo di difesa che ha ridotto considerevolmente la popolazione di squali, sia pericolosi che innocui, a causa degli impigliamenti accidentali. Anche la pesca eccessiva ha ridotto considerevolmente il numero di squali nelle acque australiane e diverse specie sono ora in pericolo. Uno [[Megachasma pelagios|squalo megamouth]] è stato trovato arenato su una spiaggia di [[Perth]] nel 1988:<ref name=e397>{{cita|Egerton, 2005|p. 397}}.</ref> questa specie è molto poco conosciuta, ma questa scoperta potrebbe indicare la presenza della specie nelle acque costiere australiane.
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