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I [[Storia naturale|naturalisti]] occidentali entrarono per la prima volta in contatto con il rinoceronte di Giava nel 1787, quando a Giava ne vennero abbattuti due esemplari. I loro crani furono inviati al celebre naturalista olandese [[Petrus Camper]], che morì nel 1789 prima di essere riuscito a pubblicare uno studio nel quale il rinoceronte di Giava veniva riconosciuto come una specie a sé. Un altro rinoceronte di Giava venne abbattuto sull'isola di Sumatra da Alfred Duvaucel, che inviò l'esemplare al suo patrigno [[Georges Cuvier]], il famoso scienziato francese. Cuvier riconobbe l'animale come una specie distinta nel 1822, e nello stesso anno venne battezzato da [[Anselme Gaëtan Desmarest]] ''Rhinoceros sondaicus''. Si trattava dell'ultima specie di rinoceronte ad essere identificata<ref name="Rookmaaker">{{cita libro|autore=Kees Rookmaaker|anno=2005|capitolo=First sightings of Asian rhinos|pagina=52|titolo=Save the rhinos: EAZA Rhino Campaign 2005/6|città=Londra|editore=[[European Association of Zoos and Aquaria]]}}</ref>. Desmarest in un primo momento indicò come luogo di provenienza dell'animale Sumatra, ma in seguito corresse quanto scritto sostenendo che l'esemplare proveniva da Giava<ref name="Zeitschrift"/>.
Il nome del genere ''Rhinoceros'', al quale appartiene anche il rinoceronte indiano, deriva dal [[Lingua greca antica|greco antico]] ῥίς (''rhis''), che significa «naso», e κέρας (''ceras''), che significa «corno»; ''sondaicus'' deriva da ''Sonda'', la regione [[Biogeografia|biogeografica]] che comprende le isole di Sumatra, Giava
Delle tre diverse sottospecie, ne sopravvive solamente una:
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