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Il rinoceronte di Giava è più piccolo del rinoceronte indiano, ed è simile per dimensioni al rinoceronte nero. È l'animale più grande di Giava e il secondo animale più grande dell'Indonesia dopo l'[[Elephas maximus|elefante asiatico]]. La lunghezza del corpo del rinoceronte di Giava (testa compresa) può raggiungere i 2-4 m, e l'altezza gli 1,4-1,7 m. Il peso degli adulti viene variamente indicato tra i 900 e i 2300 kg, ma uno studio per raccogliere misure accurate degli animali non è mai stato condotto e non costituisce una priorità a causa del loro estremo stato di conservazione<ref name="arkive">[http://www.arkive.org/javan-rhinoceros/rhinoceros-sondaicus/ images and movies of the Javan Rhinoceros ''(Rhinoceros sondaicus)''], ARKive</ref>. Maschi e femmine non presentano sostanziali [[Dimorfismo sessuale|differenze di dimensioni]], ma queste ultime sembrano essere leggermente più piccole. In base agli studi effettuati su testimonianze fotografiche e sull'analisi delle impronte, sembrerebbe che i rinoceronti del Vietnam fossero relativamente più piccoli di quelli di Giava<ref name="van Strien">{{cita libro|autore=Nico van Strien|anno=2005|capitolo=Javan Rhinoceros|pagine=75-79|titolo=Save the rhinos: EAZA Rhino Campaign 2005/6|città=London|editore=[[European Association of Zoos and Aquaria]]}}</ref>.
Come il rinoceronte indiano, il rinoceronte di Giava ha un unico corno (le altre specie esistenti ne hanno due). Il corno è più piccolo di quello delle altre specie moderne di rinoceronte: generalmente non supera i 20 cm, e quello più grande mai misurato era lungo appena 27 cm. Solo i maschi hanno il corno. Le femmine di rinoceronte di Giava sono gli unici rinoceronti esistenti ad essere
Le pelle glabra, chiazzata di grigio o grigio-bruno, ricade in pieghe su scapole, dorso e posteriore. La pelle ha una naturale struttura a mosaico, che conferisce al rinoceronte un aspetto corazzato. Le pieghe del collo del rinoceronte di Giava sono più piccole di quelle del rinoceronte indiano, ma formano ugualmente una sorta di sella al di sopra della regione scapolare. A causa del rischio di interferire con una specie così minacciata, tuttavia, il rinoceronte di Giava viene studiato principalmente attraverso campioni fecali e trappole fotografiche. Solo di rado è stato possibile incontrarlo, osservarlo o misurarlo direttamente<ref name="NatPost">{{cita web|titolo=Their trail is warm: Scientists are studying elusive rhinos by analyzing their feces|sito=National Post|autore=Margaret Munro|data=10 maggio 2002}}</ref>.
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