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Perfino le stime più ottimistiche sembrano indicare che rimangano in natura meno di 100 rinoceronti di Giava. Essi sono considerati una delle specie più minacciate del mondo<ref name="Telegraph 4 January 2010">{{cita web|url=http://www.telegraph.co.uk/earth/wildlife/6927330/Top-10-most-endangered-species-in-the-world.html|data=4 gennaio 2010|sito=Daily Telegraph|titolo=Top 10 most endangered species in the world|accesso=19 marzo 2012}}</ref>. Il rinoceronte di Giava sopravvive ormai solamente in una località, il parco nazionale di Ujung Kulon sulla punta occidentale di Giava<ref name="CG"/><ref name="NYT">{{cita web|titolo=Racing to Know the Rarest of Rhinos, Before It's Too Late|url=http://www.nytimes.com/2006/07/11/science/11rhin.html|sito=[[The New York Times]]|accesso=14 ottobre 2007|data=11 luglio 2006|autore=Mark Derr}}</ref>.
Un tempo la specie era presente in un territorio che da [[Assam]] e [[Bengala]] (dove il suo areale si sovrapponeva a quello dei rinoceronti di Sumatra e di quelli indiani)<ref name="NE India"/> arrivava a est fino a Myanmar, Thailandia, Cambogia, Laos e Vietnam, e a sud fino alla [[penisola malese]] e alle isole di Sumatra, Giava e, forse, Borneo<ref name="Raffles">{{cita libro|periodico=The Raffles Bulletin of Zoology|anno=2007|volume='''55''' (1)|editore=University of Singapore|pagine=217-220|url=http://rmbr.nus.edu.sg/rbz/biblio/55/55rbz217-220.pdf|formato=PDF|autore=Earl of Cranbook and Philip J. Piper|titolo=The Javan Rhinoceros ''Rhinoceros Sondaicus'' in Borneo|accesso=4 novembre 2007}}</ref>. Il rinoceronte di Giava popolava prevalentemente le fitte foreste pluviali di pianura, le zone erbose e i canneti, ove fossero presenti fiumi ricchi di acqua, vaste pianure alluvionali o zone umide con molte pozze di fango. Anche se storicamente prediligeva le aree di pianura, la sottospecie del Vietnam fu costretta a ritirarsi verso quote molto maggiori (fino a 2000 m), probabilmente
L'areale del rinoceronte di Giava si è andato sempre più riducendo nel corso di almeno 3000 anni. Ancora verso il 1000 a.C., il limite settentrionale dell'areale del rinoceronte si spingeva fino in Cina, ma iniziò a ritirarsi verso sud alla velocità di circa mezzo chilometro all'anno, a seguito dell'aumento degli insediamenti umani nella regione<ref name="Biotropica">{{cita libro|periodico=Biotropica|volume='''39''' (3)|pagine=202-303|anno=2007|titolo=The Impact of Hunting on the Mammalian Fauna of Tropical Asian Forests|autore=Richard T. Corlett|doi=10.1111/j.1744-7429.2007.00271.x}}</ref>. Probabilmente esso scomparve dall'India durante il primo decennio del XX secolo<ref name="NE India"/>. Il rinoceronte di Giava venne cacciato nella penisola malese fino all'estinzione, avvenuta nel 1932<ref name="Straits">{{cita web|sito=New Straits Times|titolo=On the horns of a dilemma|autore=Faezah Ismail|data=9 giugno 1998}}</ref>. L'ultimo esemplare di Sumatra scomparve durante la [[seconda guerra mondiale]]. Nella regione di [[Divisione di Chittagong|Chittagong]] e nelle [[Sundarbans]] scomparve attorno alla metà del XX secolo. Dopo la fine della guerra del Vietnam, si riteneva che il rinoceronte del Vietnam fosse completamente scomparso dall'Asia continentale. In Cambogia cacciatori e raccoglitori di legna locali sostenevano di aver avvistato dei rinoceronti di Giava sulla [[Monti Cardamomi|catena dei Cardamomi]], ma una serie di sopralluoghi nell'area non riuscì a rinvenire alcuna prova della loro esistenza<ref name="FFI">{{cita libro|titolo=Cardamom Mountains biodiversity survey|anno=2000|autore=J. C. Daltry and F. Momberg|editore=Fauna and Flora International|città=[[Cambridge]]|isbn=190370300X}}</ref>. Alla fine degli anni '80, venne rinvenuta una piccola popolazione nell'area di Cat Tien in Vietnam. Tuttavia, l'ultimo rappresentante di quella popolazione venne abbattuto nel 2010<ref>[http://vietnam.panda.org/en/newsroom/news/?202075/Inadequate-protection-causes-Javan-rhino-extinction-in-Vietnam WWF - Inadequate protection causes Javan rhino extinction in Vietnam].</ref>. Forse in passato potrebbe essere esistita una popolazione anche sull'isola del Borneo, ma è probabile tuttavia che gli esemplari in questione siano stati dei rinoceronti di Sumatra, dei quali una piccola popolazione vive tuttora sull'isola<ref name="Raffles"/>.
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