L'undicesima edizione della Coppa Italia di Serie B si è svolta tra il 23 settembre 2008 e il 31 gennaio 2009.
Le 79 società iscritte al campionato di serie B sono state divise secondo il criterio di viciniorità[1] in 15 triangolari e 17 accoppiamenti. Le società coinvolte nei triangolari si affrontano reciprocamente tra loro in un unico incontro e si qualifica al turno successivo la squadra prima classificata. Negli accoppiamenti le società si affrontano in incontri a eliminazione diretta articolate in andata e ritorno, al termine delle quali si qualifica al turno successivo la squadra vincente il doppio confronto. I sedicesimi e gli ottavi di finale sono articolati allo stesso modo degli accoppiamenti. La formula della manifestazione si discosta da quella dell'edizione precedente per l'introduzione della Final Eight al posto della Final Four, sempre giocata in sede unica. In questa fase il meccanismo di passaggio del turno prevede incontri a eliminazione diretta al termine dei quali, qualora sussistesse la condizione di parità, si disputeranno due tempi supplementari, ed eventualmente i tiri di rigore per determinare la vincitrice.
Sull'esempio della Coppa Italia di serie A e di serie A2, da questa edizione anche la fase finale della Coppa Italia di serie B è organizzata in una sede unica. La Final Eight si è svolta dal 31 marzo al 2 aprile 2010 al PalaCesaroni di Genzano. Il sorteggio non prevedeva teste di serie, pertanto le otto finaliste sono state inserite in una unica urna. In seguito all'esclusione e alla radiazione dalle competizioni FIGC del Povoli Team, la formazione di Riva del Garda è stata sostituita dal Futsal Carmenta[7], eliminato proprio dai trentini negli ottavi di finale.